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Bacterial diversity in goat milk with clinical mastitis in Ecuador Diversidad bacteriana presente en leche de cabras con mastitis clínica en Ecuador Sagbay Díaz, Cristhian Vivanco-Galván, Oscar Rodrigo Saa, Luis Garnica Marquina, Froilán Peris Ribera, Cristòfol Herrera, Paulo Goat milk dairy industry mastitis metagenomics microbiomes Leche de cabra industria láctea mastitis metagenómica microbiomas Mastitis is an inflammation of the mammary gland that significantly affects goat milk production and quality, leading to economic losses for Ecuadorian farmers. This study aimed to research the bacterial diversity associated with clinical mastitis in goats from Ecuador. Milk samples were collected from goats showing macroscopic evidence of clinical mastitis for subsequent DNA extraction. The 16S rRNA gene was amplified and sequenced using Illumina MiSeq technology for metagenomic analysis. Sequences were quality filtered and clustered into Zero-radius Operational Taxonomic Units (zOTUs). They were then taxonomically grouped to classify the bacterial species present in the milk. The analysis revealed a high diversity of bacterial communities, with 550 zOTUs belonging to 12 phyla. Proteobacteria and Firmicutes emerged as the predominant phyla, harboring diverse families which include: Enterobacteriaceae (Proteobacteria) and Staphylococcaceae (Firmicutes). Notably, a significant portion (86.91%) of the zOTUs identified belonged to families with unknown functionalities related to mastitis. These findings offer an initial and valuable overview of the bacterial diversity associated with clinical mastitis in goats, as well as highlighting the potential presence of uncharacterized mastitis-related bacteria that could be relevant for this disease. Future studies focusing on species level identification and functional characterization are needed to develop strategies for the prevention and control of mastitis in Ecuadorian goat production. La mastitis es una inflamación de la glándula mamaria que afecta significativamente a la producción y calidad de la leche en las cabras, lo que genera pérdidas económicas para los agricultores ecuatorianos. Este estudio tuvo como objetivo explorar la diversidad bacteriana asociada con la mastitis clínica en cabras en Ecuador. Se recolectaron muestras de leche de cabras con evidencia macroscópica de mastitis clínica para posteriormente ser extraído el ADN. Para el análisis metagenómico se amplificó y secuenció el gen 16S rRNA mediante la tecnología Illumina MiSeq. Las secuencias se filtraron por calidad y agrupadas en unidades taxonómicas operacionales de radio cero (zOTUs); luego se agruparon taxonómicamente para clasificar las especies bacterianas presentes en la leche. El análisis reveló una alta riqueza de comunidades bacterianas, con 550 zOTUs pertenecientes a 12 filos. Proteobacteria y Firmicutes fueron los filos predominantes, los cuales incluyen diversas familias, como: Enterobacteriaceae (Proteobacteria) y Staphylococcaceae (Firmicutes). Notablemente, una porción significativa (86,91%) de los zOTUs identificados pertenecían a familias con funcionalidades desconocidas en el contexto de la mastitis. Estos hallazgos ofrecen una visión inicial y valiosa sobre la diversidad bacteriana asociada con la mastitis clínica en cabras, resaltando además la posible presencia de bacterias aún no caracterizadas que podrían ser relevantes en el contexto de esta enfermedad. Es necesario realizar futuros estudios que se enfoquen en la identificación a nivel de especie y la caracterización funcional, para desarrollar estrategias dirigidas a la prevención y control de la mastitis en la producción caprina ecuatoriana. Centro Nacional de Sanidad Agropecuaria 2024-12-18 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion application/pdf text/html application/epub+zip application/zip https://censa.edicionescervantes.com/index.php/RSA/article/view/1367 Revista de Salud Animal; Vol. 47 (2025): enero-diciembre; https://cu-id.com/2248/v47e04 Revista de Salud Animal; Vol. 47 (2025): enero-diciembre; https://cu-id.com/2248/v47e04 2224-4700 0253-570X spa https://censa.edicionescervantes.com/index.php/RSA/article/view/1367/2559 https://censa.edicionescervantes.com/index.php/RSA/article/view/1367/2568 https://censa.edicionescervantes.com/index.php/RSA/article/view/1367/2569 https://censa.edicionescervantes.com/index.php/RSA/article/view/1367/2571 Derechos de autor 2025 Licencia CC Reconocimiento-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0